ラスベガス近郊に、ＵＦＯが墜落。バーク率いる国防総省の飛来物回収チームがＵＦＯを回収し、乗っていたエイリアンを追跡する。エイリアンは２体で、人間そっくりの姿をしているという。
ラスベガス在住のタクシー運転手ジャックは、ひょんなことから１０代の兄妹セスとサラをタクシーに乗せる。じつはこの２人こそ、バークが追跡中のエイリアンだった。
２人の住む星は、環境破壊で滅亡の危機にあり政府が地球侵略を計画するが、セス達の両親は科学的な解決法を考え、地球で実験を行っていた。
しかし、両親は政府に反対した事で拘束されてしまう。セスとサラは実験結果を回収して星に帰り、両親の命と２つの星の危機を救おうとしていたのだ。
だが、セス達の動きを察知した政府側はサイフォンという暗殺者を地球に送り込み２人を阻止しようとする。
ジャックは戸惑いながらも、セス達に協力。高度な運転テクニックで追っ手をまく。
途中から天体物理学者のアレックスも加わり、回収された宇宙船を捜す。宇宙船は、秘密軍事施設ウィッチマウンテンにあると思われた。
ジャックたちは施設に忍び込もうとするが、セスとサラが拘束されてしまう。果たしてジャックとアレックスは、２人を救出し地球の危機を救えるのか…。