ストーリー１
既存の組織では解決できない地球規模の犯罪を、超人的な活躍で解決するトリプルＸ。その創設者であるＮＳＡのギボンズは、サッカーの天才ネイマールをメンバーに勧誘している最中に、人口衛星の墜落に巻き込まれて死亡する。衛星の墜落は、あらゆる電子機器をコントロールできる“パンドラの箱”と呼ばれる装置によるものだった。それを回収したＮＳＡのジェーン・マークは対応を協議するという名目で

ストーリー２
各国の諜報機関のトップを集め、犯人を捜そうとしたが、突然現れたシャンをリーダーとする集団に“パンドラの箱”を奪われてしまう。一方、前回の任務のあと死を偽装して、世界中を移動していた初代トリプルＸのザンダー・ケイジは、ドミニカでエクストリームに興じていた。しかしマークに見つかり、ギボンズの弔い合戦という誘い文句でシャンのグループを追うことになる。

ストーリー３
ザンダーは天才ハッカーのエインズリーからシャンたちがフィリピンに潜伏しているとの情報を得ると、狙撃の名手アデル、天才ドライバーのテニソン、集団を扇動する名人ニックスを招集する。そして、マークの指揮で移動作戦本部のＣ１７に乗ってシャンたちの潜伏する島へ向かう。島ではさっそくシャンやその仲間のセレーナたちと遭遇するが…。