ストーリー１
ロシア領に近いバレンツ海。アメリカの原子力潜水艦タンパ・ベイがロシアの原潜コーニクを追っていたところ、突然コーニクが爆破。その直後、タンパ・ベイも魚雷攻撃を受けて沈没する。異変を察知した国家軍事指揮センターのフィスク少将（コモン）は統合参謀本部議長ドネガン（ゲイリー・オールドマン）と相談の上、ハンターキラーと呼ばれる攻撃型原潜“アーカンソー”を現地に派遣。

ストーリー２
そして、艦長には叩き上げの軍人ジョー・グラス（ジェラルド・バトラー）を抜擢した。現場に着いてしばらくすると、アーカンソーは爆発で沈んだコーニクを発見する。しかし、その爆発の跡に船員達が不信を抱いていると、アーカンソーの存在に気づいたロシアの潜水艦が魚雷を発射。なんとか攻撃をかわしたアーカンソーは魚雷を撃ち返すことに成功。その後、静けさを取り戻した海の中では、

ストーリー３
沈んでいるコーニクから音がしていることに気付く…。そして、中から３人の生存者を捕虜としてアーカンソーへ乗せた。同じ頃、地上では特殊部隊ネイビーシールズの極秘偵察により、ロシア国内でクーデターが企てられていることが判明する。世界を揺るがす未曾有の事態を回避するため、アーカンソーには限りなく０に近い成功率の任務が下る。それは、絶対不可侵の水中兵器ひしめくロシア海域への潜航命令だった…。