“エージェント４７”（ティモシー・オリファント）は、遺伝子操作によって世界で最も優秀な犯罪者の血を引き、プロの殺し屋としてある組織に教育された、裏社会最高のエリート暗殺者。
彼は殺人犯としてインターポール捜査官のマイケル（ダグレイ・スコット）に追われていたが、追跡を巧みにかわし、次の仕事のためロシアに潜伏していた。
今度のターゲットはロシア大統領ベリコフ（ウルリク・トムセン）。
“４７”はベリコフを見事射殺する。組織は犯行を目撃したとして、ベリコフの愛人であるニカ（オルガ・キュリレンコ）の暗殺も命じる。
暗殺実行のためニカに会いに行った“４７”だったが、彼女と目が合った瞬間、ニカは犯行を目撃していないと確信する。
それと同時に、自分たちが罠にかけられたことに気づく。
ニカは目撃者ではなく“４７”をおびき出すためのオトリだったのだ…。
インターポールのマイケルに尾行されているのに気づいたが、彼は強引に彼女を連れその場を離れる。そんな“４７”の前に、彼と同じ組織に所属するスキンヘッドの殺し屋たちが立ち塞がる…。
果たして“４７”はニカを連れ、無事追っ手をかわし逃げ切ることが出来るのか。
そして誰が何故、２人を抹殺しようとしているのか！？うごめく陰謀に巻き込まれた２人の運命はーー。