ストーリー
私立探偵のシャーロック・ホームズ（ロバート・ダウニー・Jr.）は同居人の医師ジョン・ワトソン（ジュード・ロウ）と連続殺人事件の捜査に協力していた。
ある夜、地下聖堂で黒魔術を使った儀式で女性を殺したというブラックウッド卿（マーク・ストロング）を逮捕する。死刑を宣告されたブラックウッドは死刑執行前にホームズを呼び出し、死後の蘇りを予告。
その後、ホームズはブラックウッドが蘇ったと知らされ、
ワトソンと墓場へ向かうと、棺には調査依頼を受けていたリオドンという男の遺体が入っていた。ホームズたちがリオドンの部屋を訪れると、怪しい実験を行っていた痕跡を発見。彼はブラックウッド卿の手下だったのだ…。
そこに現れた男たちに襲われ、船を破壊した２人は警察に捕まってしまう。しかし、トマス・ロザラム首席裁判官が保釈金を払いホームズは釈放される。トマス卿と面会したホームズは、
トマス卿が社会を裏から操るテンプル第4修道会の長であること、ブラックウッドが彼の息子であることを言い当てる。復活後、勢力を強める息子に脅威を感じていたトマス卿は、息子の計画阻止をホームズに依頼する…。
しかしその後、トマスは入浴中に何者かに殺害され、修道会の長にはブラックウッドが就任する。彼は魔術で英国のみならず、世界を征服する野望を抱いていたのだ…。