2242年、地球は滅亡の危機を迎えていた。選ばれた5000万人の富裕層は「ニューアース」と呼ばれる星へ避難を開始。
最終便となる宇宙船の乗客は1000人ほどで、船内はアダムス提督（トーマス・ジェーン）率いる兵士と、クレイ（ブルース・ウィリス）率いる元軍人たちによって管理されていた。
アダムス提督の娘の恋人で、妊娠した彼女のお腹の子の父親でもあるノア（コディ・カースリー）は、家族と一緒にニューアースで新生活を築くため、労働と引き換えになんとか宇宙船に潜り込み、クレイのもとで働くことになった。
ニューアース到着までの約半年間、アダムス提督や搭乗者は人工冬眠に入る。
そのための準備が進められていたが、フードを深く被った男が、船内にある端末に何かを仕込んでいた…。
アダムス提督の代わりに指揮官になったのはスタンリー大佐（ティモシー・V・マーフィ）だ。
ハイパー速度により、地球から30年の時を経過した翌朝、船内で殺人事件が発生する。
だが、その現場はどう見ても人間の手によるものではなかった。
悲惨な現場を見たクレイは、何者かが船内に潜り込んでいることを直感する。
そして、正体不明の恐ろしい生命体との死闘が待ち受けていた…。