冴えない空軍パイロットのタック（デニス・クエイド）は配置転換を命じられ、恋人のリディア（メグ・ライアン）とも喧嘩別れをしてしまう。配置転換先は、とある研究所。そこで世紀の大実験に参加することになる。実験の内容は、人間を乗せた潜水艇をミクロ化してウサギの体内に注入し、各神経と連携してウサギの身体を自由に動かそうというものだ。タックを乗せた潜水艇は無事ミクロ化に成功し、注射器におさめられた。
ストーリー２

実験の鍵を握る２つのマイクロ・チップのうち、ひとつは潜水艇内に、もうひとつはコンピューター内にセットされた。ところが、ウサギの体内に注入する直前、マイクロ・チップを狙う謎の組織が研究所を襲う。実験責任者のオジーは、注射器を持って研究所を脱出。ショッピングセンターに逃げ込むが、殺し屋に撃たれて瀕死の状態に…。エレベーターに乗ったオジーは、開いた扉の目の前に立っていた青年の尻に注射して息絶えた。
ストーリー３

その青年は少々風変りで、名はジャック・パター（マーティン・ショート）。スーパーで働いている。一方、何も知らないタックは、ジャックの体内を進み始め…。