スタンリー（ヒュー・ジャックマン）は天才ハッカー。
かつてはハッカーの帝王とまで呼ばれていたが、政府のメール検閲ソフトにハッキングした罪で服役し、現在は仮釈放中の身。妻とは離婚し、最愛の娘ホリーとも会えない日々。
妻は離婚後、ポルノ映画会社の社長と再婚しており、スタンリーはそんな妻の元からホリーを取り戻そうと何度も裁判を起こすが負け続けていた。
失意の中、テキサスの炭坑でトレーラー暮らしをするスタンリーのもとにある日ミステリアスな謎の美女ジンジャー（ハル・ベリー）が現れる。
彼女は、元スパイにして天才的犯罪者ガブリエル（ジョン・トラボルタ）の使いだという。
全米川下り選手権をちらつかせながらスタンリーにある依頼をもちかける。
以前、麻薬取締局が行った極秘作戦“ソードフィッシュ”の計画遂行に際して利用したダミー会社が思わぬ利益をあげ、95億ドルもの資金がそのまま放置されているという。
それを、コンピューター操作で奪おうというのだ。
さらに、接近禁止命令を出されているホリーにも会わせてやるという言葉に、スタンリーは依頼を受けることにする。
だが、その計画には幾重もの罠が張り巡らされていた…。
スタンリーはハッキングのためのワームを開発するが、その間に、謎だらけだったガブリエルの正体が明らかになっていく。
この男の正体はいったい…全米川下り選手権に隠された真実とは…！？