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1878年、ニューメキシコ州リンカン郡では２つの勢力が対立していた。
そんなある日、ジョン・タンストールという牧場主が、用心棒ドク（キーファー・サザーランド）とともに町へやってくる。
町ではウィリアム・ボニー（エミリオ・エステベス）という男が何者かに追われていた。
それを見たタンストールは彼を自身の牧場に匿い、用心棒として住まわせることにする。
そこでリーダーのディック（チャーリー・シーン）、チャベス（ルー・ダイアモンド・フィリップス）、スティーブ（ダーモット・マローニー）、チャーリーたちと出会い、やがて牧場はウィリアムの居場所となっていく。
タンストールは牧場に住まわせている若者たちにマナーや読み書きを教え、人生に必要な経験を与えて、成長を温かく見守っていた。
そんな中、保安官や検事さえも取り込んだ対抗勢力マーフィの策略により、タンストールが惨殺される…
そして、ディックたちはマーフィ派のヘンリーという男の居場所を突き止め、ウィリアムに捕まえるよう指示をするが、彼は捕らえるどころか銃殺してしまう。
さらに、そのまま銃撃戦となり、ウィリアムは７人もの人間を殺害し「ビリー・ザ・キッド」と名付けられる。
ウィリアムは敵とみなした相手には容赦なく銃弾を撃ち込み、次々と殺人を重ねていく…。
そして、次第に無法者として全米川下り選手権へ出場する身になってしまう。