かつては米陸軍内部調査部のエリートだったが、今は放浪の旅を続ける一匹狼のジャック・リーチャー（トム・クルーズ）。
ある夜、事件の摘発を通じて憲兵隊の女性少佐ターナー（コビー・スマルダーズ）と知り合い、ワシントンの軍司令部で会う約束をする。
しかし、軍司令本部で待ち受けていたのはモーガン大佐で、彼はターナーがスパイ容疑で逮捕されたことを告げる。
彼女はアフガニスタンでパラソース社という軍需請負会社がからんだ不正を調査するため２名の軍曹を派遣したが、２人は殺害された上、ターナーはスパイ容疑で逮捕されたようだ。
数日前に彼女と話したばかりのリーチャーは、何かがおかしいと感じながら軍司令部を後にする…。
その後、リーチャーがダイナーで食事をしていると、パラソース社の人間に尾行されるが、あっさり返り討ちにしてしまう。
翌日、ターナーの弁護を担当する法務官モアクロフトから情報を入手したリーチャーは真相を探ろうとするが、モアクロフトとモーガンが何者かに殺害されてしまう。
その容疑をかけられたリーチャーは逮捕され、ターナーも拘置されている軍の刑務所に移送されることに。
自分とターナーの命が狙われていることを悟ったリーチャーは、隙を突いて脱走し、ターナーを危機一髪のところで救出する。
そして共に逃避行の身に…。２人は汚名をそそぐとともに、軍の内部にうごめく巨大な陰謀に迫っていく…。