学園都市コロニー・メーティスでフェネクス捕獲作戦を展開するヨナ（声・榎木淳弥）とシェザール隊。シナンジュ・スタインを駆るゾルタン（声・梅原裕一郎）はフェネクス強奪を目論み、強襲をかけてきた。苛烈な攻撃でコロニー住民達にも被害が及ぶ。憤るイアゴ（声・中井和哉）達。その時、金色の光を纏いフェネクスが降臨。

ゾルタンは切り札IIネオ・ジオングをコロニー内に呼び込むが、何故かナラティブガンダムが取り込まれ、意識を失ったヨナに遠い日の記憶がよみがえる