USBメモリを持ち出した奴が１日探しても見つからなかった鞄が翌々日に見つかって、その鞄がそのまま2日、3日中身を何も盗まれずに放置されてたなんてあるか？
一度持ち帰られたと考えるのが普通だろう。
データを抜かれてる可能性が１ミリでもあるんだったら
委託会社とその下請けの協力会社、USBメモリを持出した個人の責任で全額負担で全市民のマイナンバーを再発行付与すべきであろう。
その上で、住所や家族の個人情報他USBメモリのデータを使っての被害がもし出た場合はその補償もこいつらが持つよう約束させろ！