機長は当初死亡説も流れましたが実際は乗客に紛れ脱出しています。
事故後に生存をしていた機長ですが精神鑑定の結果責任能力が認めらなかったため不起訴処分となっています。

・「家に盗聴器が仕掛けられている」とありもしない相談を警察に対して行う
・家族に「自分は皇族だ」と訳のわからない発言
・「宇宙から電波が届いて飛行機を操縦している。」とパイロットらしからぬ発言
・愛犬の散歩中、見ず知らずの人に愛犬をプレゼント
・操縦席で突然笑いだし、副操縦士や航空機関士を困惑させる
などの以上行動が事故前に確認されています。

現在機長は日本航空から退職をしたのちに自宅で療養生活をしており、日本航空からの退職金に年金・精神障害者保健福祉の給付などにより生活をしていると考えられます。