JR亀有駅で乗車しJR上野駅で下車する際、乗り換える駅によって運賃が変わり、一部利用者はそれが不当だと訴えています。
北千住駅での乗り換えは時間もかかり、エレベーターも設置されていないことから、西日暮里駅での乗り換えを使用したいと望む人が多いそうですが、運賃は西日暮里駅乗り換えの方が圧倒的に高くなってしまいます。