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2016年1月28日、小保方はSTAP細胞問題に触れた手記『あの日』を出版し、話題を集めた。
3月25日、「STAP細胞作成を実現するための確実な証拠となるような情報を、科学界に提供すること」を目的とし、
STAP細胞の作製手順や理研による検証実験の内容を自身のサイト「STAP HOPE PAGE」で公開。

2016年2月10日、放送倫理・番組向上機構（BPO）の放送人権委員会は、理化学研究所の小保方晴子元研究員らのSTAP細胞問題を特集したNHKのドキュメンタリー番組「NHKスペシャル」について、
小保方を窃盗容疑者のように報道した件について「STAP細胞とされるES細胞は若山研究室の元留学生が作製し、 申立人の研究室で使われる冷凍庫に保管されていたものであって、これを申立人が何らかの不正行為により入手し混入してSTAP細胞を作製した疑惑があるとする事実摘示については、名誉毀損の人権侵害が認められる」、
小保方を宿泊先まで追跡し、結果的に小保方が全治2週間の受傷をした件について「取材手段が不適切な可能性がある」（ただし、小保方とNHKの主張は著しく異なっており事実の認定は困難とした）として、「放送倫理上の問題があった」として再発防止に努めるようNHKに勧告した。人権侵害による勧告は委員会の判断としては最も重い。

2016年5月26日発売の『婦人公論』に、小保方と瀬戸内寂聴の対談記事（カラー、7ページ）が掲載された。2014年4月の記者会見以来、2年ぶりのメディアへの登場であった。

2018年5月9日発売の『週刊文春』のグラビア「原色美女図鑑」に登場した。