日本では起訴するかどうかを検察官が判断します。
最近の統計では検察官が起訴する事件の割合は３７％です。
「９９％を超える有罪率」という場合は，起訴された３７％の事件が分母となっています。

検察当局においては無実の人が訴訟負担の不利益を被ることなどを避けるため
的確な証拠によって有罪判決が得られる高度の見込みのある場合に初めて起訴するという運用が定着しています。
こうした運用が有罪率の高さにも影響しているものと考えられます。