２人組の覆面強盗により、資産家が殺害される事件が発生。榊マリコ(沢口靖子)ら科捜研メンバーは、最新科学で強盗の行方を追う。
残された指紋から詐欺事件の容疑者が浮上。それは、捜査二課の阿久津刑事(徳重聡)の母・敏子(市毛良枝)が警察官を名乗る男に騙され、現金を奪われたというもので、阿久津の所轄異動の原因に…。
その後、爆破事件が発生し、第二の被害者が！全ては謎の指示役<Ｘ>の仕業なのか!?科学が暴く衝撃真相とは!?