江戸の町で流行り病“鬼面風邪（きめんかぜ）”が人々を襲う。感染すると発熱が続き、多くは死に至るという恐ろしい病気で、特効薬はない。小五郎（東山紀之）はじめ本町奉行所が対応に追われる中、新たに「疫病改方（えきびょうあらためかた）」が新設され、長官に天野景信（西村まさ彦）が就任。小五郎は天野と共に「江戸養成所」にて、疫病対策にとりかかる…。
江戸養成所の筆頭医である酒井東庵（橋本じゅん）は、特効薬を開発しようと日夜研究に励んでいた。ある日、東庵は幼馴染の陣八郎（遠藤憲一）とばったり再会を果たし…。
猛威を振るう謎の流行り病と、その特効薬を巡る欲にまみれた非情な悪を仕事人が成敗する。